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+Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,4/29/2020,"Doe, John; Doe, Jane;",SARS-CoV-2/human/USA/GA_3742/2020,CDC-OAMD,PRJNA512962,SARS-CoV-2/human/USA/GA_3742/2020,SARS-CoV-2.cl.1.0,Sars CoV2 Sequencing Baseline Constellation,Helix,Homo sapiens,COVID-20,nasal swab,United States: Georgia,Male,45,local,"fastq_2_R1.fastq.gz, fastq_2_R2.fastq.gz",Helix COVID-19 and Flu Test,Illumina NovaSeq 6000,AMPLICON,VIRAL RNA,RT-PCR,PAIRED,Helix Hybrid-Capture Test,latf-load,GA_2742,SARS-CoV-2/human/USA/GA_3742/2020,NIH,NCBI,"10 Center Dr, Bethesda, MD, USA 20895","Doe, John; Doe, Jane;",unpublished,,SARS-CoV-2/human/USA/GA_3742/2020,USA: GA,Homo sapiens,nasal swab,Assembly-Data,Newbler v. 2.3,100x,Illumina,Assembly-Data ,hCoV-19/USA/GA_2742/2022,betacoronavirus,Original,North America/USA/Georgia,unknown,Human,,,unknown,unknown,unknown,,,,,Illumina NextSeq 550,,3000x,Bio1 Mel,"16 Info St, Mel, Aus",,Bio2 Mel,"33 Data St, Mel, Aus",,,,
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+NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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+
+ Sars CoV2 Sequencing Baseline Constellation
+
+
+ Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
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+++ b/TEST_COV/submission_files/GENBANK/comment.cmt
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new file mode 100644
index 0000000..59e3197
--- /dev/null
+++ b/TEST_COV/submission_files/GENBANK/sequence.fsa
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+>SARS-CoV-2/human/USA/GA_2741/2020
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+ NCBI:
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+ '@alt_email': ""
+ Name:
+ First: Jane
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+ Client-Id: TEST-EA76875B00C3
+ Username: username
+ Password: password
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new file mode 100644
index 0000000..4f1c470
Binary files /dev/null and b/TEST_FLU/raw_reads/fastq_1_R1.fastq.gz differ
diff --git a/TEST_FLU/raw_reads/fastq_1_R2.fastq.gz b/TEST_FLU/raw_reads/fastq_1_R2.fastq.gz
new file mode 100644
index 0000000..76cb481
Binary files /dev/null and b/TEST_FLU/raw_reads/fastq_1_R2.fastq.gz differ
diff --git a/TEST_FLU/raw_reads/fastq_2_R1.fastq.gz b/TEST_FLU/raw_reads/fastq_2_R1.fastq.gz
new file mode 100644
index 0000000..0e69847
Binary files /dev/null and b/TEST_FLU/raw_reads/fastq_2_R1.fastq.gz differ
diff --git a/TEST_FLU/raw_reads/fastq_2_R2.fastq.gz b/TEST_FLU/raw_reads/fastq_2_R2.fastq.gz
new file mode 100644
index 0000000..231e47a
Binary files /dev/null and b/TEST_FLU/raw_reads/fastq_2_R2.fastq.gz differ
diff --git a/TEST_FLU/sequence.fasta b/TEST_FLU/sequence.fasta
new file mode 100644
index 0000000..1bbe657
--- /dev/null
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@@ -0,0 +1,482 @@
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+taa
+>XX-566912_PB2
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+atggcagaatttagtgaagatcctgaattgcaaccagcaatgctattcaacatctgtgtc
+catctagaggtttgctatgtaataagtgacatgaattttcttgacgaagaaggaaaagca
+tatacagcattagaaggacaagggaaagaacaaaacttgagaccacaatatgaagtaatt
+gagggaatgccaagaaccatagcatggatggtccagagatccttagctcaagagcatgga
+atagagactcccaagtatctggctgatttgtttgattacaaaaccaaaagatttatagaa
+gttggaataacaaagggattggctgatgattacttttggaaaaagaaagaaaaattggga
+aacagcatggaactgatgatattcagctacaatcaagactactcgttaagtaatgaatcc
+tcattggatgaggaagggaaagggagagtgctaagcagactcacagaacttcaggctgaa
+ttaagtctaaaaaatttatggcaagttctcataggagaagaagatgttgaaaagggaatt
+gattttaaacttggacagacaatatctagactaagggatatatctgttccagccggtttc
+tccaattttgaaggaatgaggagctacatagacaatatagacccaaaaggagcaatagag
+agaaatctagcaaggatgtctcccttagtatcagtcacacctaaaaagttgacatgggag
+gacctaagaccaatagggcctcacatttacgatcatgagctaccagaagttccatataat
+gcctttcttctaatgtctgatgaactaggattggccaatatgactgagggaaagtctaaa
+aaaccgaagacattagccaaagaatgtttagaaagatactcaacactacgggatcaaact
+gacccaatattaataatgaaaagcgagaaagctaacgaaaatttcttatggaagctttgg
+agagactgtgtaaatacaataagtaatgaggaagcaagtaacgaattacagaaaaccaat
+tatgccaaatgggccacaggggatggattaacataccagaaaataatgaaagaagtagca
+atagatgacgagacaatgtgccaagaagagcctaaaatccctaacaaatgtagagtggct
+gcttgggttcaaacagagatgaatctattgagcactctgacaagtaaaagagctctggac
+ctaccagaaatagggccagacatagcgcctgtagagcatgtaggaagtgaaagaaggaaa
+tactttgttaacgaaatcaactactgtaaggcctctacagttatgatgaagtatgtgctt
+tttcatacttcattgttgaatgaaagcaatgccagcatgggaaaatacaaagtaatacca
+ataaccaacagagtagtaaatgaaaaaggagaaagtttcgacatgctttacggtttggcg
+gttaaaggacaatctcatctgaggggagatactgatgttgtaacagttgtaacttttgaa
+tttagtagtacagatcccagggtggacacaggaaagtggccaaaatatactgtgtttagg
+attggctccctatttgtgagtgggagggaaaaatctgtgtacttgtattgcagagtgaat
+ggcacaaataagatccaaatgaaatggggaatggaagctagaagatgtttgcttcaatca
+atgcaacaaatggaggcaattgttgaacaggaatcatcaatacaaggatatgacatgacc
+aaagcctgtttcaagggagacagagtaaatagccccaaaactttcagtattggaactcaa
+gaaggaaaactagtaaaaggatcctttggaaaagcactaagagtaatatttactaaatgc
+ttgatgcactatgtatttgggaatgctcaattggaggggtttagtgctgagtctaggaga
+cttctattgttgattcaagcattaaaggacagaaagggtccttgggtgttcgacttagag
+ggaatgtattctggaatagaagaatgtattagcaacaacccttgggtgatacagagtgta
+tactggttcaatgaatggttggccgttgaaaaggaggggagcaaagtgttggaatcagtg
+gatgaagtaatggatgaataa
+>XX-566912_PB1
+atgaatataaatccttattttctcttcatagatgtgcccgtacaggcagcaatttcaaca
+acattcccatacactggtgttcccccttattcccatggaacaggaacaggttacacaata
+gacaccgtgatcagaacgcatgagtactcaaacaaggggaaacagtacatttctgatgtt
+acaggatgcacaatagtggatccaacaaatggaccattacccgaagataatgagccgagt
+gcctatgcgcaattagattgcgttttagaggctttggatagaatggatgaagaacaccca
+ggtctttttcaagcagcctcacagaatgctatggaggccctaatggtcacaactgtagac
+aaattaacccaggggagacaaacttttgattggacagtatgcagaaaccaacctgctgca
+acggcactgaacacaacaataacctcttttaggttgaatgatttaaatggagccgacaaa
+ggtggattaatacctttttgccaggatatcattgattcactagacagacctgaaatgact
+ttcttctcagtaaagaatataaagaaaaaattgcctgccaaaaacagaaagggtttcctc
+ataaagaggataccaatgaaggtaaaagacaaaataaccaaagtggaatacatcaaaaga
+gcattatcattaaacacaatgacaaaagacgctgaaagaggcaaactgaaaagaagagcg
+attgccactgctggaatacaaataagagggtttgtattagtagttgaaaacttggctaaa
+aatatatgtgaaaatctagaacaaagtggtttaccagtaggtggaaacgagaagaaagcc
+aaactgtcaaatgcagtggccaaaatgctcagtaactgcccaccaggagggattagcatg
+acagtaacaggagacaatacaaaatggaatgaatgtttaaacccaagggtctttttggcc
+atgaccgaaagaataaccagagacagcccagtttggttcagggatttttgtagtatagca
+ccggtcctgttctccaataagatagcaagattggggaaaggatttatgataacaagcaaa
+acaaaaagactaaaggcccaaataccttgtcctgatctgtttagtataccattagaaaga
+tataatgaagaaacaagggcaaaattgaagaaactaaaaccattcttcaatgaagaagga
+actgcatctctgtcacctgggatgatgatgggaatgtttaacatgctatctaccgtgttg
+ggagtagctgcactaggtatcaagaacattggaaacaaagaatacctatgggatggactg
+caatcttctgatgattttgctctatttgttaatgcaaaggatgaagaaacatgtatggaa
+ggaataaacgacttttaccgaacgtgtaaactattgggaataaacatgagcaaaaagaaa
+agttactgtaatgagactggaatgtttgaatttacaagcatgttctacagagatggattt
+gtatctaattttgcaatggaactcccttcgtttggagttgctggagtaaatgaatcagca
+gatatggcaataggaatgacaataataaagaacaacatgatcaacaatggaatgggtcca
+gcaacagcacaaacagccatacagctattcatagctgattatagatacacctacaaatgc
+cacaggggagattccaaagtagaaggaaagagaatgaaaatcataaaggagttatgggaa
+aacactaaagggagagatggtctattagtagcagatggtgggcccaacatttacaatttg
+agaaacttgcatatcccagaaatagtattgaagtataatctaatggaccctgaatacaaa
+gggcgattacttcatcctcaaaatccctttgtgggacatttgtctattgagggcatcaaa
+gaggcagacataactccagcacatggtccagtaaagaaaatggactacgatgcagtgtct
+ggaactcatagttggagaaccaaaagaaacagatctatactaaacactgatcagaggaac
+atgattcttgaggaacaatgctacgctaaatgttgcaacctatttgaggcctgttttaac
+agtgcatcatacaggaagccagtgggtcaacatagcatgcttgaggctatggcccacaga
+ttaagaatggatgcacgattagattatgaatcagggagaatgtcaaaagatgattttgag
+aaagcaatggctcatcttggtgagattgggtacatataa
+>XX-566913_PB1
+atgaatataaatccttattttctcttcatagatgtgcccgtacaggcagcaatttcaaca
+acattcccatacactggtgttcccccttattcccatggaacaggaacaggttacacaata
+gacaccgtgatcagaacgcatgagtactcaaacaaggggaaacagtacatttctgatgtt
+acaggatgcacaatagtggatccaacaaatggaccattacccgaagataatgagccgagt
+gcctatgcgcaattagattgcgttttagaggctttggatagaatggatgaagaacaccca
+ggtctttttcaagcagcctcacagaatgctatggaggccctaatggtcacaactgtagac
+aaattaacccaggggagacaaacttttgattggacagtatgcagaaaccaacctgctgca
+acggcactgaacacaacaataacctcttttaggttgaatgatttaaatggagctgacaaa
+ggtggattaatacctttttgccaggatatcattgattcactggacagacctgaaatgact
+ttcttctcagtaaagaatataaagaaaaaattgcctgccaaaaacagaaagggtttcctc
+ataaagaggataccaatgaaggtaaaagacaaaataaccaaagtggaatacatcaaaaga
+gcattatcattaaacacaatgacaaaagacgctgaaagaggcaaactgaaaagaagagcg
+attgccactgctggaatacaaataagagggtttgtattagtagttgaaaacttggctaaa
+aatatatgtgaaaatctagaacaaagtggtttaccagtaggtggaaacgagaagaaagcc
+aaactgtcaaatgcagtggccaaaatgctcagtaactgcccaccaggagggattagcatg
+acagtaacaggagacaatacaaaatggaatgaatgtttaaacccaagggtctttttggcc
+atgaccgaaagaataaccagagacagcccagtttggttcagggatttttgtagtatagca
+ccggtcctgttctccaataagatagcaagattggggaaaggatttatgataacaagcaaa
+acaaaaagactaaaggcccaaataccttgtcctgatctgtttagtataccattagaaaga
+tataatgaagaaacaagggcaaaattgaagaaactaaaaccattcttcaatgaagaagga
+actgcatctctgtcacctgggatgatgatgggaatgtttaatatgctatctaccgtgttg
+ggagtagctgcactaggtatcaagaacattggaaacaaagaatacctatgggatggactg
+caatcttctgatgattttgctctatttgttaatgcaaaggatgaagaaacatgtatggaa
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+agttactgtaatgagactggaatgtttgaatttacaagcatgttctacagagatggattt
+gtatctaattttgcaatggaactcccttcgtttggagttgctggagtaaatgaatcagca
+gatatggcaataggaatgacaataataaagaacaacatgatcaacaatggaatgggtcca
+gcaacagcacaaacagccatacagctattcatagctgattatagatacacctacaaatgc
+cacaggggagattccaaagtagaaggaaagagaatgaaaatcataaaggagttatgggaa
+aacactaaagggagagatggtctattagtagcagatggtgggcccaacatttacaatttg
+agaaacttgcatatcccagaaatagtattgaagtataatctaatggaccctgaatacaaa
+gggcgattacttcatcctcaaaatccctttgtgggacatttgtctattgagggcatcaaa
+gaggcagacataactccagcacatggtccagtgaagaaaatggactacgatgcagtgtct
+ggaactcatagttggagaaccaaaagaaacagatctatactaaacactgatcagaggaac
+atgattcttgaggaacaatgctacgctaaatgttgcaacctatttgaggcctgttttaac
+agtgcatcatacaggaagccagtgggtcaacatagcatgcttgaggctatggcccacaga
+ttaagaatggatgcacgattagactatgaatcagggagaatgtcaaaagatgattttgag
+aaagcaatggctcatcttggtgagattgggtacatataa
diff --git a/TEST_FLU/submission_files/BIOSAMPLE/submission.xml b/TEST_FLU/submission_files/BIOSAMPLE/submission.xml
new file mode 100644
index 0000000..0ee7148
--- /dev/null
+++ b/TEST_FLU/submission_files/BIOSAMPLE/submission.xml
@@ -0,0 +1,94 @@
+
+
+
+ flu_test_submission
+ This is a test submission
+
+ CDC
+
+
+ Jane
+ Doe
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ XX-566912
+
+
+ CDC Influenza Sequencing Baseline Constellation
+
+
+ Influenza A virus
+
+
+ PRJNA217342
+
+ Pathogen.cl.1.0
+
+ Helix
+ USA: California
+ Homo sapiens
+ Influenza A viruses
+ A/California/566912/2016
+ Nasal Wash
+ 36.78 N 119.42 W
+ female
+ 92
+ H3N2
+ 2016-12-28
+
+
+
+
+
+ XX-566912
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ XX-566913
+
+
+ CDC Influenza Sequencing Baseline Constellation
+
+
+ Influenza A virus
+
+
+ PRJNA217342
+
+ Pathogen.cl.1.0
+
+ Helix
+ USA: Texas
+ Homo sapiens
+ Influenza A viruses
+ A/Texas/566913/2016
+ Nasal Wash
+ 29.42 N 98.49 W
+ male
+ 21
+ H3N2
+ 2016-11-10
+
+
+
+
+
+ XX-566913
+
+
+
+
diff --git a/TEST_FLU/submission_files/GENBANK/TEST_FLU.zip b/TEST_FLU/submission_files/GENBANK/TEST_FLU.zip
new file mode 100644
index 0000000..9bff6bf
Binary files /dev/null and b/TEST_FLU/submission_files/GENBANK/TEST_FLU.zip differ
diff --git a/TEST_FLU/submission_files/GENBANK/authorset.sbt b/TEST_FLU/submission_files/GENBANK/authorset.sbt
new file mode 100644
index 0000000..2f926a7
--- /dev/null
+++ b/TEST_FLU/submission_files/GENBANK/authorset.sbt
@@ -0,0 +1,86 @@
+Submit-block ::= {
+ contact {
+ contact {
+ name name {
+ last "Doe",
+ first "Jane",
+ middle "",
+ initials "",
+ suffix "",
+ title ""
+ },
+ affil std {
+ affil "Centers for Disease Control and Prevention",
+ div "Respiratory Viruses Branch, Division of Viral Diseases",
+ city "Atlanta",
+ sub "GA",
+ country "USA",
+ street "1600 Clifton Rd",
+ email "email@myemail.com",
+ phone "",
+ postal-code "30329"
+ }
+ }
+ },
+ cit {
+ authors {
+ names std {
+ {
+ name name {
+ last "Doe",
+ first "John"
+ }
+ },
+ {
+ name name {
+ last "Doe",
+ first "Jane"
+ }
+ }
+ },
+ affil std {
+ affil "Centers for Disease Control and Prevention",
+ div "Respiratory Viruses Branch, Division of Viral Diseases",
+ city "Atlanta",
+ sub "GA",
+ country "USA",
+ street "1600 Clifton Rd",
+ postal-code "30329"
+ }
+ }
+ },
+ subtype new
+}
+Seqdesc ::= pub {
+ pub {
+ gen {
+ cit "unpublished",
+ authors {
+ names std {
+ {
+ name name {
+ last "Doe",
+ first "John"
+ }
+ },
+ {
+ name name {
+ last "Doe",
+ first "Jane"
+ }
+ }
+ }
+ },
+ title "Test_Submission"
+ }
+ }
+}
+Seqdesc ::= user {
+ type str "Submission",
+ data {
+ {
+ label str "AdditionalComment",
+ data str "Submission Title: TEST_FLU"
+ }
+ }
+}
diff --git a/TEST_FLU/submission_files/GENBANK/comment.cmt b/TEST_FLU/submission_files/GENBANK/comment.cmt
new file mode 100644
index 0000000..15aa122
--- /dev/null
+++ b/TEST_FLU/submission_files/GENBANK/comment.cmt
@@ -0,0 +1,17 @@
+SeqID StructuredCommentPrefix organism collection_date Assembly-Method Coverage Sequencing-Technology Adamantane_resistance Patient_symptoms EPI_ISOLATE_ID TYPE Segment_name HOST_AGE HOST_GENDER PASSAGE StructuredCommentSuffix
+CDC-XX-566912.1 FluData Influenza A virus 2016-12-28 Newbler v. 2.3 100x Illumina resistant ILI EPI_ISL_8289 H3N2 PB2 92 F PMK1 (2017-01-03) FluData
+CDC-XX-566912.2 FluData Influenza A virus 2016-12-28 Newbler v. 2.3 100x Illumina resistant ILI EPI_ISL_8289 H3N2 PB1 92 F PMK1 (2017-01-03) FluData
+CDC-XX-566912.3 FluData Influenza A virus 2016-12-28 Newbler v. 2.3 100x Illumina resistant ILI EPI_ISL_8289 H3N2 PA 92 F PMK1 (2017-01-03) FluData
+CDC-XX-566912.4 FluData Influenza A virus 2016-12-28 Newbler v. 2.3 100x Illumina resistant ILI EPI_ISL_8289 H3N2 HA 92 F PMK1 (2017-01-03) FluData
+CDC-XX-566912.5 FluData Influenza A virus 2016-12-28 Newbler v. 2.3 100x Illumina resistant ILI EPI_ISL_8289 H3N2 NP 92 F PMK1 (2017-01-03) FluData
+CDC-XX-566912.6 FluData Influenza A virus 2016-12-28 Newbler v. 2.3 100x Illumina resistant ILI EPI_ISL_8289 H3N2 NA 92 F PMK1 (2017-01-03) FluData
+CDC-XX-566912.7 FluData Influenza A virus 2016-12-28 Newbler v. 2.3 100x Illumina resistant ILI EPI_ISL_8289 H3N2 M 92 F PMK1 (2017-01-03) FluData
+CDC-XX-566912.8 FluData Influenza A virus 2016-12-28 Newbler v. 2.3 100x Illumina resistant ILI EPI_ISL_8289 H3N2 NS 92 F PMK1 (2017-01-03) FluData
+CDC-XX-566913.1 FluData Influenza A virus 2016-11-10 Newbler v. 2.3 100x Illumina resistant ILI EPI_ISL_8290 H3N2 PB2 21 M PMK1 (2017-01-03) FluData
+CDC-XX-566913.2 FluData Influenza A virus 2016-11-10 Newbler v. 2.3 100x Illumina resistant ILI EPI_ISL_8290 H3N2 PB1 21 M PMK1 (2017-01-03) FluData
+CDC-XX-566913.3 FluData Influenza A virus 2016-11-10 Newbler v. 2.3 100x Illumina resistant ILI EPI_ISL_8290 H3N2 PA 21 M PMK1 (2017-01-03) FluData
+CDC-XX-566913.4 FluData Influenza A virus 2016-11-10 Newbler v. 2.3 100x Illumina resistant ILI EPI_ISL_8290 H3N2 HA 21 M PMK1 (2017-01-03) FluData
+CDC-XX-566913.5 FluData Influenza A virus 2016-11-10 Newbler v. 2.3 100x Illumina resistant ILI EPI_ISL_8290 H3N2 NP 21 M PMK1 (2017-01-03) FluData
+CDC-XX-566913.6 FluData Influenza A virus 2016-11-10 Newbler v. 2.3 100x Illumina resistant ILI EPI_ISL_8290 H3N2 NA 21 M PMK1 (2017-01-03) FluData
+CDC-XX-566913.7 FluData Influenza A virus 2016-11-10 Newbler v. 2.3 100x Illumina resistant ILI EPI_ISL_8290 H3N2 M 21 M PMK1 (2017-01-03) FluData
+CDC-XX-566913.8 FluData Influenza A virus 2016-11-10 Newbler v. 2.3 100x Illumina resistant ILI EPI_ISL_8290 H3N2 NS 21 M PMK1 (2017-01-03) FluData
diff --git a/TEST_FLU/submission_files/GENBANK/sequence.fsa b/TEST_FLU/submission_files/GENBANK/sequence.fsa
new file mode 100644
index 0000000..41a27f5
--- /dev/null
+++ b/TEST_FLU/submission_files/GENBANK/sequence.fsa
@@ -0,0 +1,482 @@
+>A/California/566912/2016_PB2
+atgacattagccaaaattgaattgttaaaacaactgctaagggacaatgaagccaaaaca
+gtcctgaagcaaacaacagtagaccaatataacataataagaaaattcaatacatcaagg
+attgaaaagaatccttcactaaggatgaagtgggccatgtgttctaactttcccttggct
+ctcaccaagggcgatatggcaaacagaatccccttggaatacaaagggatacaactcaaa
+acaaatgctgaagacataggaaccaaaggccaaatgtgctcaatagcagcagttacatgg
+tggaatacatatggaccaataggagacactgaaggttttgaaagggtctacgaaagcttt
+tttctcagaaaaatgagacttgacaacgccacttggggccggataacttttggcccagtt
+gaaagagtgagaaaaagagtactactaaaccctctcaccaaggaaatgcctccggatgag
+gcgagcaatgtgataatggaaatattatttcctaaagaagcaggaataccaagagaatcc
+acttggatacatagggaactgataaaagaaaagagagaaaaattgaaagggacaatgata
+actccaatcgtactggcatacatgcttgaaagagaactggttgctcgaagaagattcttg
+ccagtggcaggagcaacatcagctgagttcatagaaatgctgcactgcttacaaggtgaa
+aattggagacaaatatatcacccaggagggaataaattaactgagtccaggtctcaatca
+atgatagtagcttgtaggaaaataatcagaagatcaatagtcgcttcaaacccactggag
+ctagctgtagaaattgcaaacaagactgtgatagatactgaacctttaaagtcatgtctg
+gcagccatagacggaggtgatgtagcttgtgacataataagagctgcattaggactaaag
+atcagacaaagacaaagatttgggcggcttgagctaaaaagaatatcaggaagaggattc
+aaaaatgatgaagaaatattaatagggaacggaacaatacagaagattggaatatgggat
+ggggaagaggagttccacgtaagatgtggtgaatgcaggggaatattaaaaaagagtaaa
+atgaaactggaaaaattactgataaattcagccaaaaaggaggatatgagagatttaata
+atcttatgcatggtattttctcaagacactaggatgttccaaggggtgagaggagaaata
+aattttcttaatcgagcaggccaacttttatctccaatgtaccaactccaacgatatttt
+ttgaatagaagcaatgacctttttgatcaatgggggtatgaggaatcacccaaagcaagt
+gaactacatgggataaatgaatcaatgaatgcatctgactatacattgaaagggattgta
+gtgacaagaaatgtaattgacgactttagctctactgaaacagagaaagtatccataaca
+aaaaatcttagcttaataaaaaggactggagaagtcataatgggagctaatgacgtgagt
+gaattagaatcacaagcacagctgatgataacatatgatacacctaaaatgtgggaaatg
+ggaacaaccaaagaactggtgcaaaacacttatcaatgggtgctaaaaaacttggtgaca
+ctgaaggctcagtttcttctaggaaaagaggatatgttccaatgggatgcatttgaagca
+tttgagagcataattcctcaaaaaatggctggtcagtacagtggatttgcaagagcagtg
+ctcaaacaaatgagagaccaggaggttatgaaaactgatcagttcataaagttgctgcct
+ttttgtttctcaccaccaaaattaagaagcaatggggagccttatcaattcttaaaactt
+gtattgaaaggaggaggggaaaatttcattgaagtaaggaaagggtctcctctattttcc
+tataatccacaaacagaagtcttaactatatgcggcagaatgatgtcattaaaagggaaa
+attgaagatgaagaaaggaatagatcaatggggaatgcagtattagcaggctttctcgtt
+agtggcaagtatgaccctgatcttggagatttcaaaactattgaagaacttgaaaagcta
+aaaccaggggaaaaggcaaacatcttgctttatcaaggaaaaccagttaaagtagtgaaa
+aggaaaaggtatagtgctttgtccaatgacatttcacaaggaattaaaagacaaagaatg
+acagttgagtccatggggtgggccttgagctaa
+>A/California/566912/2016_PB1
+atgaatataaatccttattttctcttcatagatgtgcccgtacaggcagcaatttcaaca
+acattcccatacactggtgttcccccttattcccatggaacaggaacaggttacacaata
+gacaccgtgatcagaacgcatgagtactcaaacaaggggaaacagtacatttctgatgtt
+acaggatgcacaatagtggatccaacaaatggaccattacccgaagataatgagccgagt
+gcctatgcgcaattagattgcgttttagaggctttggatagaatggatgaagaacaccca
+ggtctttttcaagcagcctcacagaatgctatggaggccctaatggtcacaactgtagac
+aaattaacccaggggagacaaacttttgattggacagtatgcagaaaccaacctgctgca
+acggcactgaacacaacaataacctcttttaggttgaatgatttaaatggagccgacaaa
+ggtggattaatacctttttgccaggatatcattgattcactagacagacctgaaatgact
+ttcttctcagtaaagaatataaagaaaaaattgcctgccaaaaacagaaagggtttcctc
+ataaagaggataccaatgaaggtaaaagacaaaataaccaaagtggaatacatcaaaaga
+gcattatcattaaacacaatgacaaaagacgctgaaagaggcaaactgaaaagaagagcg
+attgccactgctggaatacaaataagagggtttgtattagtagttgaaaacttggctaaa
+aatatatgtgaaaatctagaacaaagtggtttaccagtaggtggaaacgagaagaaagcc
+aaactgtcaaatgcagtggccaaaatgctcagtaactgcccaccaggagggattagcatg
+acagtaacaggagacaatacaaaatggaatgaatgtttaaacccaagggtctttttggcc
+atgaccgaaagaataaccagagacagcccagtttggttcagggatttttgtagtatagca
+ccggtcctgttctccaataagatagcaagattggggaaaggatttatgataacaagcaaa
+acaaaaagactaaaggcccaaataccttgtcctgatctgtttagtataccattagaaaga
+tataatgaagaaacaagggcaaaattgaagaaactaaaaccattcttcaatgaagaagga
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+ggagtagctgcactaggtatcaagaacattggaaacaaagaatacctatgggatggactg
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+agttactgtaatgagactggaatgtttgaatttacaagcatgttctacagagatggattt
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+agaaacttgcatatcccagaaatagtattgaagtataatctaatggaccctgaatacaaa
+gggcgattacttcatcctcaaaatccctttgtgggacatttgtctattgagggcatcaaa
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+tactacacaggggaacatgcaaaggccataggaaattgcccaatatgggtgaaaacaccc
+ttgaagctggccaatggaaccaaatatagacctcctgcaaaactgttaaaggaaagaggt
+ttcttcggagccattgctggtttcttagaaggaggatgggaaggaatgattgcaggttgg
+cacggatacacatcccatggggcacatggagtagcagtggcagctgaccttaagagcact
+caagaggccataaacaagataacaaaaaatctcaactctttgagtgagctggaagtaaag
+aatcttcaaagactaagcggtgccatggatgaactccacaacgaaatactagaactagat
+gagaaagtggatgatctcagagctgatacaataagctcacagatagaactcgcagtcctg
+ctttccaatgaaggaataataaacagtgaagatgaacatctcttggcgcttgaaagaaag
+ctgaagaaaatgctgggcccctctgctgtagagataggaaatggatgctttgaaaccaaa
+cacaagtgcaaccaaacctgtctcgacagaatagctgctggtacctttgatgcaggagaa
+ttttctctccccacctttgattcactgaatattactgctgcatctttaaatgacgatgga
+ttggacaatcatactatactgctttactactcaactgctgcctccagtttggctgtaaca
+ctgatgatagctatctttgttgtttatatggtctccagagacaatgtttcttgctccatt
+tgtctataa
+>A/Texas/566913/2016_NP
+atgtccaacatggatatcgacggtatgaacactgggacaattgacaaaacaccggaagaa
+ataacttctggaaccagtgggacaaccagaccaatcattagaccagcaacccttgcccca
+ccaagcaacaaacgaacccgtaacccatctccggaaagagcaaccacaagcagtgaagat
+gatgtcggaaggaaagcccaaaagaagcagaccccgacagagataaagaagagcgtctac
+aacatggtggtgaaactgggcgaattctacaaccagatgatggttaaagctggactcaat
+gatgacatggagagaaatctaatccaaaatgcacatgccgtggagagaattttattggct
+gccactgatgacaagaaaaccgagttccagaagaaaaagaatgccagagatgtcaaagaa
+gggaaggaagaaatagatcacaacaaaacaggaggcaccttttacaagatggtaagagat
+gataaaaccatctatttcagccctataagaattacctttttaaaagaagaggtgaaaaca
+atgtacaaaaccaccatggggagtgatggcttcagtggattaaatcacataatgattggg
+cattcgcagatgaatgatgtctgtttccaaagatcaaaggcactaaaaagagttggactt
+gatccttcattaatcagtacctttgcgggaagcacagtccccagaagatcaggtgcgact
+ggtgttgcaatcaagggaggtggaaccttagtggctgaagccattcgatttataggaaga
+gcaatggcagacagagggctattgagagacattaaaaccaagactgcctatgaaaagatt
+cttctgaatctaaagaacaaatgctctgcgccccaacaaaaggctctagttgatcaagtg
+atcggaagcagaaatccggggattgcagacattgaagatctaaccctgcttgctcgtagt
+atggtcgttgttaggccctctgtggcaagcaaagtggtgcttcccataagcatttacgcc
+aaaatacctcaactagggttcaatgttgaagagtactctatggttgggtacgaagccatg
+gctctttacaatatggcaacacctgtttccatattaagaatgggagatgatgcaaaggat
+aaatcgcaattattcttcatgtcttgcttcggagctgcctatgaagacctgagagttttg
+tctgcattaacaggcacagaattcaagcctagatcagcattaaaatgtaagggtttccat
+gttccagcaaaggaacaggtagaaggaatgggagcagctctgatgtccatcaagctccag
+ttttgggctccgatgaccagatctggggggaacgaagcaggtggagacggagggtctggc
+caaataagctgcagcccagtgtttgcagtggagagacctattgctttaagcaagcaagct
+gtaagaagaatgctgtcaatgaatattgaggggcgtgatgcagatgtcaaaggaaatcta
+ctcaagatgatgaatgactcaatggctaagaaaaccagtggaaatgctttcattgggaag
+aaaatgttccaaatatcagacaaaaacaaaaccaatcccattgaaattccaattaagcag
+accatccccaatttcttctttgggagggacacagcagaggattatgatgacctcgattat
+taa
+>A/Texas/566913/2016_NA
+atgaacaatgttaccctcaactatacaaacgttaaccctatttctcacatcagggggagt
+attattatcactatatgtgtcagcttcattatcatacttactatattcggatatattgct
+aaaattctcacaaacagaaataactgcaccaacaatgccattggattgtgcaaacgcatc
+aaatgttcaggctgtgaaccgttctgcaacaaaaggggcgacacttcttctcccagaacc
+ggagtggacatacccgcgtttatcttgcccgggctcaacctttcagaaagcactcctaat
+tagccctcatagattcggagaaaccaaaggaaactcagctcccttgataataagggaacc
+ttttgttgcttgtggaccaaatgaatgcaaacactttgctttaactcattatgcagccca
+accagggggatactacaatggaacaagaggagacagaaacaagctgaggcatctaatttc
+agtcaaattgggcaaaatcccaacagtagagaactccattttccatatggcagcatggag
+cgggtccgcgtgccatgatggtaaggaatggacatatatcggagttgatggccctgacaa
+taatgcattgctcaaagtaaaatatggagaagcatatactgacacataccattcctatgc
+aaacaacatcctaagaacacaagaaagtgcctgcaattgcatcgggggaaattgttatct
+aatgataactgatggctcagcttcaggtgttagtgaatgcagatttcttaagattcgaga
+gggccgaataataaaagaaatatttccaacaggaagagtaaaacacactgaggaatgcac
+atgcggatttgccagtaataaaaccatagaatgtgcctgtagagacaacaggtacacagc
+caaaagaccttttgtcaaattaaacgtggagactgatacagcagaaataagattgatgtg
+tacagatacttatttggacacccccagaccaaatgatggaagcataacaggcccttgtga
+atctgatggggaagaggggagtggaggcatcaaaggaggattcgttcatcaaagaatgaa
+atccaagattggaaggtggtactctcgaacgatgtctaaaactgaaaggatggggatgga
+actgtatgtcaagtatggtggagacccatgggctgacagtgatgccctagtttttagtgg
+agtaatgatttcaatgaaagaacctggttggtattcctttggcttcgaaatcaaagataa
+gaaatgcgatgtcccctgtattgggatagagatggtacatgatggtggaaaagagacttg
+gcactcagcagcaacagccatttactgtttaatgggctcaggacagctgctgtgggacac
+tgtcacaggtgttgatatggctctgtaa
+>A/Texas/566913/2016_MP
+atgtcgctgtttggagacacaattgcctacttgctttcattgatagaagatggagaaggc
+aaagcagaactagcagaaaagttacactgttggtttggtgggaaagaatttgacctagac
+tcagccttggaatggataaaaaacaaaagatgcttaactgatatacaaaaagcactaatt
+ggtgcctctatatgctttttaaaacccaaagaccaggaaagaaaaagaagattcatcaca
+gagcccttatcaggaatgggaacaacagcaacaaaaaagaaaggcctgattctggctgag
+agaaaaatgagaaaatgtgtgagctttcatgaagcatttgaaatagcagaaggccatgaa
+agctcagcgctactatactgtctcatggtcatgtacctgaatcctggaaattattcgatg
+caagtaaaactaggaacgctctgtgctttatgcgagaaacaagcatcacattcacacaga
+gctcatagcagagcagctagatcttcagtgcctggagtaagacgagaaatgcaaatggtc
+tcagctatgaacacagcaaaaacgatgaatggaatgggaaaaggagaagacgtccaaaag
+ctggcagaagagttgcaaagcaacattggagtgctgagatctcttggggcaagtcaaaag
+aatggggaagggattgcaaaggatgtaatggaagtgctaaagcagagctccatgggaaat
+tcagctcttgtgaagaaatatctataatgctcgaaccatttcagattcttacaatttgtt
+cttttatcttatcagctctccatttcatggcttggacaatagggcatttgaatcaaataa
+aaagaggaataaacatgaaaatacgaataaaaggtccaaacaaagagacaataaacagag
+aggtatcaattttgaggcacagttaccaaaaagaaatccaggccaaagaaacaatgaagg
+aagtgctctctgacaacatggaggtattgaatgaccacataataattgaggggctttctg
+ccgaagagataataaaaatgggtgaaacagttttggagatagaagaattgcattaa
+>A/Texas/566913/2016_NS
+atggcgaacaacaacatgaccacaacacaaattgaggtgggtccgggagcaaccaatgcc
+accataaactttgaagcaggaattctggagtgctatgaaaggctttcatggcaaagagcc
+cttgactaccccggtcaagaccgcctaaacagactaaaaagaaaattagagtcaagaata
+aagactcacaacaaaagtgagcctgaaagtaaaaggatgtcccttgaagagagaaaagca
+attggagtaaaaatgatgaaagtactcctatttatgaatccgtctgctggaattgaaggg
+tttgagccacactgtatgaacagttcctcaaatagcaactgtacgaaatacaattggacc
+gattacccttcaacaccagagaggtgctttgatgacatagaggaagaaccagaggatgtt
+gatggcccaactgaaatagtattaagggacatgaacaacaaagatgcaaggcaaaagata
+aaggaggaagtaaacactcagaaagaagggaagttccgtttgacaataaaaagggatatg
+cgtaatgtattgtccttgagagtgttggtaaatggaactttcctcaaacaccccaatgga
+tacaagtccttatcaactctgcatagattaaatgcatatgaccagagtggaaggcttgtt
+gctaaacttgttgccactgatgatcttacagtggaggatgaagaagatggccatcggatc
+ctcaactcactcttcgagcgtctcaatgaaggacattcaaagccaattcgagcagctgaa
+actgcggtgggagtcttatcccaatttggtcaagagcaccgattatcaccagaagaggga
+tacaattagattggtcacggaagaactttatcttttaagtaaaagaattgatgataacat
+actattccacaaaacagtgatagctaacagccccataatagctgacatggttgtatcatt
+atcattattagaaacattgtatgaaatgaaggatgtggttgaagtgtacagcaggcagtg
+cttgtga
diff --git a/TEST_FLU/submission_files/GENBANK/source.src b/TEST_FLU/submission_files/GENBANK/source.src
new file mode 100644
index 0000000..e3de14e
--- /dev/null
+++ b/TEST_FLU/submission_files/GENBANK/source.src
@@ -0,0 +1,17 @@
+Sequence_ID organism Collection_date strain BioProject strain country host serotype isolation_source note
+CDC-XX-566912.1 Influenza A virus 2016-12-28 XX-566912 PRJNA217342 A/California/566912/2016 USA: California Homo sapiens; gender F; age 92 H3N2 Nasal Wash passage: PMK1
+CDC-XX-566912.2 Influenza A virus 2016-12-28 XX-566912 PRJNA217342 A/California/566912/2016 USA: California Homo sapiens; gender F; age 92 H3N2 Nasal Wash passage: PMK1
+CDC-XX-566912.3 Influenza A virus 2016-12-28 XX-566912 PRJNA217342 A/California/566912/2016 USA: California Homo sapiens; gender F; age 92 H3N2 Nasal Wash passage: PMK1
+CDC-XX-566912.4 Influenza A virus 2016-12-28 XX-566912 PRJNA217342 A/California/566912/2016 USA: California Homo sapiens; gender F; age 92 H3N2 Nasal Wash passage: PMK1
+CDC-XX-566912.5 Influenza A virus 2016-12-28 XX-566912 PRJNA217342 A/California/566912/2016 USA: California Homo sapiens; gender F; age 92 H3N2 Nasal Wash passage: PMK1
+CDC-XX-566912.6 Influenza A virus 2016-12-28 XX-566912 PRJNA217342 A/California/566912/2016 USA: California Homo sapiens; gender F; age 92 H3N2 Nasal Wash passage: PMK1
+CDC-XX-566912.7 Influenza A virus 2016-12-28 XX-566912 PRJNA217342 A/California/566912/2016 USA: California Homo sapiens; gender F; age 92 H3N2 Nasal Wash passage: PMK1
+CDC-XX-566912.8 Influenza A virus 2016-12-28 XX-566912 PRJNA217342 A/California/566912/2016 USA: California Homo sapiens; gender F; age 92 H3N2 Nasal Wash passage: PMK1
+CDC-XX-566913.1 Influenza A virus 2016-11-10 XX-566913 PRJNA217342 A/Texas/566913/2016 USA: Texas Homo sapiens; gender M; age 21 H3N2 Nasal Wash passage: PMK1
+CDC-XX-566913.2 Influenza A virus 2016-11-10 XX-566913 PRJNA217342 A/Texas/566913/2016 USA: Texas Homo sapiens; gender M; age 21 H3N2 Nasal Wash passage: PMK1
+CDC-XX-566913.3 Influenza A virus 2016-11-10 XX-566913 PRJNA217342 A/Texas/566913/2016 USA: Texas Homo sapiens; gender M; age 21 H3N2 Nasal Wash passage: PMK1
+CDC-XX-566913.4 Influenza A virus 2016-11-10 XX-566913 PRJNA217342 A/Texas/566913/2016 USA: Texas Homo sapiens; gender M; age 21 H3N2 Nasal Wash passage: PMK1
+CDC-XX-566913.5 Influenza A virus 2016-11-10 XX-566913 PRJNA217342 A/Texas/566913/2016 USA: Texas Homo sapiens; gender M; age 21 H3N2 Nasal Wash passage: PMK1
+CDC-XX-566913.6 Influenza A virus 2016-11-10 XX-566913 PRJNA217342 A/Texas/566913/2016 USA: Texas Homo sapiens; gender M; age 21 H3N2 Nasal Wash passage: PMK1
+CDC-XX-566913.7 Influenza A virus 2016-11-10 XX-566913 PRJNA217342 A/Texas/566913/2016 USA: Texas Homo sapiens; gender M; age 21 H3N2 Nasal Wash passage: PMK1
+CDC-XX-566913.8 Influenza A virus 2016-11-10 XX-566913 PRJNA217342 A/Texas/566913/2016 USA: Texas Homo sapiens; gender M; age 21 H3N2 Nasal Wash passage: PMK1
diff --git a/TEST_FLU/submission_files/GENBANK/submission.xml b/TEST_FLU/submission_files/GENBANK/submission.xml
new file mode 100644
index 0000000..0f19f1b
--- /dev/null
+++ b/TEST_FLU/submission_files/GENBANK/submission.xml
@@ -0,0 +1,22 @@
+
+
+
+ flu_test_submission
+ This is a test submission
+
+ CDC
+
+
+
+
+
+ genbank-submission-package
+
+ BankIt_influenza_api
+ yes
+
+ TEST_FLU
+
+
+
+
diff --git a/TEST_FLU/submission_files/SRA/raw_reads_location.txt b/TEST_FLU/submission_files/SRA/raw_reads_location.txt
new file mode 100644
index 0000000..98558f6
--- /dev/null
+++ b/TEST_FLU/submission_files/SRA/raw_reads_location.txt
@@ -0,0 +1,4 @@
+/scicomp/home-pure/psv4/seqsender_master/seqsender/TEST_FLU/raw_reads/fastq_2_R1.fastq.gz
+/scicomp/home-pure/psv4/seqsender_master/seqsender/TEST_FLU/raw_reads/fastq_2_R2.fastq.gz
+/scicomp/home-pure/psv4/seqsender_master/seqsender/TEST_FLU/raw_reads/fastq_1_R2.fastq.gz
+/scicomp/home-pure/psv4/seqsender_master/seqsender/TEST_FLU/raw_reads/fastq_1_R1.fastq.gz
diff --git a/TEST_FLU/submission_files/SRA/submission.xml b/TEST_FLU/submission_files/SRA/submission.xml
new file mode 100644
index 0000000..0a95ef3
--- /dev/null
+++ b/TEST_FLU/submission_files/SRA/submission.xml
@@ -0,0 +1,78 @@
+
+
+
+ flu_test_submission
+ This is a test submission
+
+ CDC
+
+
+ Jane
+ Doe
+
+
+
+
+
+
+
+ generic-data
+
+
+ generic-data
+
+ Helix COVID-19 and Flu Test
+ Illumina NovaSeq 6000
+ AMPLICON
+ VIRAL RNA
+ RT-PCR
+ PAIRED
+ Helix Hybrid-Capture Test
+ latf-load
+
+
+ PRJNA217342
+
+
+
+
+ XX-566912
+
+
+
+ XX-566912
+
+
+
+
+
+
+ generic-data
+
+
+ generic-data
+
+ Helix COVID-19 and Flu Test
+ Illumina NovaSeq 6000
+ AMPLICON
+ VIRAL RNA
+ RT-PCR
+ PAIRED
+ Helix Hybrid-Capture Test
+ latf-load
+
+
+ PRJNA217342
+
+
+
+
+ XX-566913
+
+
+
+ XX-566913
+
+
+
+
diff --git a/TEST_FLU/submission_report_status.csv b/TEST_FLU/submission_report_status.csv
new file mode 100644
index 0000000..bdb9d49
--- /dev/null
+++ b/TEST_FLU/submission_report_status.csv
@@ -0,0 +1,17 @@
+ncbi-sample_name,ncbi-sequence_name,biosample_status,biosample_accession,biosample_message,sra_status,sra_accession,sra_message,genbank_status,genbank_accession,genbank_message
+XX-566912,CDC-XX-566912.1,,,,,,,,,
+XX-566912,CDC-XX-566912.2,,,,,,,,,
+XX-566912,CDC-XX-566912.3,,,,,,,,,
+XX-566912,CDC-XX-566912.4,,,,,,,,,
+XX-566912,CDC-XX-566912.5,,,,,,,,,
+XX-566912,CDC-XX-566912.6,,,,,,,,,
+XX-566912,CDC-XX-566912.7,,,,,,,,,
+XX-566912,CDC-XX-566912.8,,,,,,,,,
+XX-566913,CDC-XX-566913.1,,,,,,,,,
+XX-566913,CDC-XX-566913.2,,,,,,,,,
+XX-566913,CDC-XX-566913.3,,,,,,,,,
+XX-566913,CDC-XX-566913.4,,,,,,,,,
+XX-566913,CDC-XX-566913.5,,,,,,,,,
+XX-566913,CDC-XX-566913.6,,,,,,,,,
+XX-566913,CDC-XX-566913.7,,,,,,,,,
+XX-566913,CDC-XX-566913.8,,,,,,,,,
diff --git a/create.py b/create.py
index e3ec2c1..7d1dc60 100644
--- a/create.py
+++ b/create.py
@@ -27,7 +27,7 @@
import submit
# Create directory and files for NCBI database submissions
-def create_ncbi_submission(organism, database, submission_name, submission_dir, config_dict, metadata, fasta_file=None, table2asn=False, gff_file=None):
+def create_ncbi_submission(organism, database, submission_name, submission_dir, config_dict, metadata, table2asn=False, gff_file=None):
# Create a database subfolder within the submission directory to dump all submission files
submission_files_dir = os.path.join(submission_dir, submission_name, "submission_files", database)
# Create submission files directory
@@ -47,11 +47,11 @@ def create_ncbi_submission(organism, database, submission_name, submission_dir,
elif "GENBANK" in database:
sequence_names = metadata["gb-seq_id"]
# Create genbank specific files
- create_genbank_files(organism=organism, submission_name=submission_name, submission_files_dir=submission_files_dir, config_dict=config_dict, metadata=metadata, fasta_file=fasta_file)
+ create_genbank_files(organism=organism, submission_name=submission_name, submission_files_dir=submission_files_dir, config_dict=config_dict, metadata=metadata)
# If using Table2asn do not generate extra genbank files
if table2asn == True:
create_genbank_table2asn(submission_name=submission_name, submission_files_dir=submission_files_dir, gff_file=gff_file)
- return
+ return
else:
# If FTP upload for Genbank, create ZIP file for upload if table2asn is set to False
create_genbank_zip(submission_name=submission_name, submission_files_dir=submission_files_dir)
@@ -62,7 +62,7 @@ def create_ncbi_submission(organism, database, submission_name, submission_dir,
print("Files are stored at: " + os.path.join(submission_files_dir), file=sys.stdout)
# Create directory and files for GISAID submission
-def create_gisaid_submission(organism, database, submission_name, submission_dir, config_dict, metadata, fasta_file):
+def create_gisaid_submission(organism, database, submission_name, submission_dir, config_dict, metadata):
# Create a database subfolder within the submission directory to dump all submission files
submission_files_dir = os.path.join(submission_dir, submission_name, "submission_files", database)
# Create submission files directory
@@ -96,11 +96,11 @@ def create_gisaid_submission(organism, database, submission_name, submission_dir
# Create submission files
gisaid_df.to_csv(os.path.join(submission_files_dir, "metadata.csv"), index=False, sep=",")
shutil.copy(os.path.join(submission_files_dir, "metadata.csv"), os.path.join(submission_files_dir, "orig_metadata.csv"))
- create_fasta(organism=organism, database="GISAID", metadata=metadata, submission_files_dir=submission_files_dir, fasta_file=fasta_file)
+ create_fasta(organism=organism, database="GISAID", metadata=metadata, submission_files_dir=submission_files_dir)
shutil.copy(os.path.join(submission_files_dir, "sequence.fsa"), os.path.join(submission_files_dir, "orig_sequence.fsa"))
print("\n"+"Creating submission files for " + database, file=sys.stdout)
print("Files are stored at: " + os.path.join(submission_files_dir), file=sys.stdout)
-
+
def create_submission_xml(organism, database, submission_name, config_dict, metadata, failed_seqs_auto_removed=True):
# Submission XML header
root = etree.Element("Submission")
@@ -376,26 +376,23 @@ def create_authorset(config_dict, metadata, submission_name, submission_files_di
f.write("}\n")
# Create fasta file based on database
-def create_fasta(organism, database, metadata, fasta_file, submission_files_dir):
- # Make sure sequence name is found in fasta file header
- fasta_df = process.process_fasta_samples(metadata=metadata, fasta_file=fasta_file)
- # Now replace fasta header with appropriate sequence ids
+def create_fasta(organism, database, metadata, submission_files_dir):
# Extract the required fields for specified database
- db_required_colnames = process.get_required_colnames(database=database, organism=organism)
+ db_required_colnames = process.get_required_colnames(database=[database], organism=organism)
# Get the sample names with "#" symbol
sample_colname = list(filter(lambda x: ("#" in x)==True, db_required_colnames))[0].replace("#","").replace("*","")
# Create fasta file
records = []
- for index, row in fasta_df.iterrows():
+ for index, row in metadata.iterrows():
records.append(SeqRecord(row["fasta_sequence_orig"], id = row[sample_colname], description = ""))
with open(os.path.join(submission_files_dir, "sequence.fsa"), "w+") as f:
SeqIO.write(records, f, "fasta")
# Create a zip file for genbank submission
-def create_genbank_files(organism, config_dict, metadata, fasta_file, submission_name, submission_files_dir):
+def create_genbank_files(organism, config_dict, metadata, submission_name, submission_files_dir):
# Create authorset file
create_authorset(config_dict=config_dict, metadata=metadata, submission_name=submission_name, submission_files_dir=submission_files_dir)
- create_fasta(organism=organism, database="GENBANK", metadata=metadata, fasta_file=fasta_file, submission_files_dir=submission_files_dir)
+ create_fasta(organism=organism, database="GENBANK", metadata=metadata, submission_files_dir=submission_files_dir)
# Retrieve the source df"
source_df = metadata.filter(regex="^gb-seq_id$|^src-|^ncbi-spuid$|^ncbi-bioproject$|^organism$|^collection_date$").copy()
source_df.columns = source_df.columns.str.replace("src-","").str.strip()
@@ -465,9 +462,9 @@ def create_submission_log(database, submission_position, organism, submission_na
df = pd.DataFrame(columns = ["Submission_Name", "Organism", "Database", "Submission_Position", "Submission_Type", "Submission_Date", "Submission_Status", "Submission_Directory", "Config_File", "Table2asn", "GFF_File", "Update_Date"])
# Fill in the log field if it exists, otherwise create new
df_partial = df.loc[(df["Organism"] == organism) & (df["Database"] == database) & (df["Submission_Directory"] == submission_dir) & (df["Submission_Name"] == submission_name) & (df["Submission_Type"] == submission_type)]
- # Update existing field
+ # Update existing field
if df_partial.shape[0] > 0:
- df.loc[df_partial.index.values, "Submission_Position"] = submission_position
+ df.loc[df_partial.index.values, "Submission_Position"] = submission_position
df.loc[df_partial.index.values, "Submission_Status"] = submission_id + ";" + submission_status
df.loc[df_partial.index.values, "Table2asn"] = table2asn
df.loc[df_partial.index.values, "GFF_File"] = gff_file
diff --git a/gisaid_cli/covCLI/covCLI b/gisaid_cli/covCLI/covCLI
new file mode 100644
index 0000000..e69de29
diff --git a/process.py b/process.py
index 23d3585..c3637a7 100644
--- a/process.py
+++ b/process.py
@@ -122,6 +122,12 @@ def get_metadata(database, organism, metadata_file):
required_colnames = [re.sub("[*?#&]", "", x) for x in db_required_colnames]
# Remove ISOLATE FROM REQUIRED COLNAMES FOR TEMP FIX
required_colnames = [x for x in required_colnames if "-isolate" not in x]
+ # Bug fix to remove required fields from COV submissions (required for FLU)
+ if organism == "COV":
+ if "bs-lat_lon" in required_colnames:
+ required_colnames.remove("bs-lat_lon")
+ if "src-serotype" in required_colnames:
+ required_colnames.remove("src-serotype")
# Check if required column names are existed in metadata file
if not set(required_colnames).issubset(set(metadata.columns)):
failed_required_colnames = list(filter(lambda x: (x in metadata.columns)==False, required_colnames))
diff --git a/seqsender.py b/seqsender.py
index a5a643d..4de2c43 100755
--- a/seqsender.py
+++ b/seqsender.py
@@ -72,7 +72,7 @@ def start(command, database, organism, submission_dir, submission_name, config_f
print("There is no GISAID CLI package for " + organism + " located at "+ gisaid_cli, file=sys.stderr)
print("Please download the GISAID " + organism + " CLI package from the GISAID platform", file=sys.stderr)
print("Extract the zip file and place a copy of the CLI binary at "+ gisaid_cli, file=sys.stderr)
- sys.exit(1)
+ sys.exit(1)
# Determine whether this is a test or production submission
if test is True:
submission_type = "Test"
@@ -82,13 +82,14 @@ def start(command, database, organism, submission_dir, submission_name, config_f
config_dict = process.get_config(config_file=config_file, database=database)
# Check metadata file
metadata = process.get_metadata(database=database, organism=organism, metadata_file=metadata_file)
+ metadata = process.process_fasta_samples(metadata = metadata, fasta_file = fasta_file)
# Create identifier for each database to store submitting samples in submission status worksheet
identifier_columns = dict()
# Prepping submission files for each given database
for database_name in database:
if database_name in ["BIOSAMPLE", "SRA", "GENBANK"]:
identifier_columns.update({"ncbi-spuid": "ncbi-sample_name"})
- create.create_ncbi_submission(organism=organism, database=database_name, submission_name=submission_name, submission_dir=submission_dir, config_dict=config_dict["NCBI"], metadata=metadata, fasta_file=fasta_file, table2asn=table2asn, gff_file=gff_file)
+ create.create_ncbi_submission(organism=organism, database=database_name, submission_name=submission_name, submission_dir=submission_dir, config_dict=config_dict["NCBI"], metadata=metadata, table2asn=table2asn, gff_file=gff_file)
if "GENBANK" in database_name:
identifier_columns.update({"gb-seq_id": "ncbi-sequence_name"})
elif "GISAID" in database_name:
@@ -97,7 +98,7 @@ def start(command, database, organism, submission_dir, submission_name, config_f
identifier_columns.update({"gs-seq_id": "gs-sequence_name"})
elif "COV" in organism:
identifier_columns.update({"gs-virus_name": "gs-sample_name"})
- create.create_gisaid_submission(organism=organism, database=database_name, submission_name=submission_name, submission_dir=submission_dir, config_dict=config_dict["GISAID"], metadata=metadata, fasta_file=fasta_file)
+ create.create_gisaid_submission(organism=organism, database=database_name, submission_name=submission_name, submission_dir=submission_dir, config_dict=config_dict["GISAID"], metadata=metadata)
else:
print("Error: Database " + database_name + " is not a valid database selection.", file=sys.stderr)
sys.exit(1)
@@ -109,7 +110,7 @@ def start(command, database, organism, submission_dir, submission_name, config_f
if command == "submit":
for database_name in database:
# BioSample and SRA can be submitted together but to add accessions to GenBank they must be fully processed
- if database_name in ["BIOSAMPLE", "SRA"]:
+ if database_name in ["BIOSAMPLE", "SRA"]:
if ("GISAID" in database) and (int(config_dict["GISAID"]["Submission_Position"]) == 1):
submission_position = 2
else:
@@ -193,10 +194,10 @@ def args_parser():
required=True)
submission_name_parser.add_argument("--submission_name",
help='Name of the submission',
- required=True)
+ required=True)
submission_dir_parser.add_argument("--submission_dir",
help='Directory to where all required files (such as metadata, fasta, etc.) are stored',
- required=True)
+ required=True)
config_file_parser.add_argument("--config_file",
help="Config file stored in submission directory",
required=True)
@@ -221,16 +222,16 @@ def args_parser():
else:
file_parser.add_argument("--fasta_file",
help="Fasta file stored in submission directory",
- required=False)
-
- # If genbank in the database list, determine whether to prepare table2asn submission
+ required=False)
+
+ # If genbank in the database list, determine whether to prepare table2asn submission
if any(x in database_args for x in ["genbank"]):
table2asn_parser.add_argument("--table2asn",
help="Whether to prepare a Table2asn submission.",
required=False,
action="store_const",
default=False,
- const=True)
+ const=True)
# Optional: add annotation to table2asn submission
gff_parser.add_argument("--gff_file",
help="An annotation file to add to a Table2asn submission",
@@ -259,7 +260,7 @@ def args_parser():
update_module = subparser_modules.add_parser(
'check_submission_status',
formatter_class=argparse.ArgumentDefaultsHelpFormatter,
- description='Check existing process of a submission',
+ description='Check existing process of a submission',
parents=[submission_dir_parser, submission_name_parser, organism_parser, test_parser]
)
@@ -291,13 +292,13 @@ def main():
# Determine whether required files that needed in the command
database = []
if "biosample" in args:
- database += [args.biosample]
+ database += [args.biosample]
if "sra" in args:
- database += [args.sra]
+ database += [args.sra]
if "genbank" in args:
- database += [args.genbank]
+ database += [args.genbank]
if "gisaid" in args:
- database += [args.gisaid]
+ database += [args.gisaid]
if "organism" in args:
organism = args.organism
if "submission_name" in args:
@@ -331,9 +332,9 @@ def main():
else:
test = False
- # Get database list
+ # Get database list
database = [x for x in database if x]
-
+
# Execute the command
if command in ["prep", "submit"]:
# If database is not given, display help
@@ -359,7 +360,7 @@ def main():
parser.print_help()
sys.exit(0)
- # Print out the execution time
+ # Print out the execution time
get_execution_time()
if __name__ == "__main__":
diff --git a/setup.py b/setup.py
index 3ee02e3..1a18ff6 100644
--- a/setup.py
+++ b/setup.py
@@ -28,26 +28,26 @@
# Create example templates for testing
def create_zip_template(organism, database, submission_dir, submission_name):
- # Create output directory
+ # Create output directory
submission_dir = os.path.abspath(submission_dir)
out_dir = os.path.join(submission_dir, submission_name)
os.makedirs(out_dir, exist_ok = True)
# Create sra directory
out_sra_dir = os.path.join(out_dir, "raw_reads")
- # Create a list of files to output
- out_metadata_file = os.path.join(out_dir, "metadata.csv")
- out_config_file = os.path.join(out_dir, "config.yaml")
- out_sequence_file = os.path.join(out_dir, "sequence.fasta")
- out_fastq_1_r1_file = os.path.join(out_sra_dir, "fastq_1_R1.fastq.gz")
- out_fastq_1_r2_file = os.path.join(out_sra_dir, "fastq_1_R2.fastq.gz")
- out_fastq_2_r1_file = os.path.join(out_sra_dir, "fastq_2_R1.fastq.gz")
- out_fastq_2_r2_file = os.path.join(out_sra_dir, "fastq_2_R2.fastq.gz")
+ # Create a list of files to output
+ out_metadata_file = os.path.join(out_dir, "metadata.csv")
+ out_config_file = os.path.join(out_dir, "config.yaml")
+ out_sequence_file = os.path.join(out_dir, "sequence.fasta")
+ out_fastq_1_r1_file = os.path.join(out_sra_dir, "fastq_1_R1.fastq.gz")
+ out_fastq_1_r2_file = os.path.join(out_sra_dir, "fastq_1_R2.fastq.gz")
+ out_fastq_2_r1_file = os.path.join(out_sra_dir, "fastq_2_R1.fastq.gz")
+ out_fastq_2_r2_file = os.path.join(out_sra_dir, "fastq_2_R2.fastq.gz")
# Create a list of template files to output
- temp_config_file = os.path.join(PROG_DIR, "template", organism, organism.lower()+"_config.yaml")
- temp_sequence_file = os.path.join(PROG_DIR, "template", organism, organism.lower()+"_sequence.fasta")
- temp_fastq_1_r1_file = os.path.join(PROG_DIR, "template", organism, organism.lower()+"_fastq_1_R1.fastq.gz")
+ temp_config_file = os.path.join(PROG_DIR, "template", organism, organism.lower()+"_config.yaml")
+ temp_sequence_file = os.path.join(PROG_DIR, "template", organism, organism.lower()+"_sequence.fasta")
+ temp_fastq_1_r1_file = os.path.join(PROG_DIR, "template", organism, organism.lower()+"_fastq_1_R1.fastq.gz")
temp_fastq_1_r2_file = os.path.join(PROG_DIR, "template", organism, organism.lower()+"_fastq_1_R2.fastq.gz")
- temp_fastq_2_r1_file = os.path.join(PROG_DIR, "template", organism, organism.lower()+"_fastq_2_R1.fastq.gz")
+ temp_fastq_2_r1_file = os.path.join(PROG_DIR, "template", organism, organism.lower()+"_fastq_2_R1.fastq.gz")
temp_fastq_2_r2_file = os.path.join(PROG_DIR, "template", organism, organism.lower()+"_fastq_2_R2.fastq.gz")
# Print generating message
print("\n"+"Generating submission template", file=sys.stdout)
@@ -100,4 +100,3 @@ def download_table2asn(table2asn_dir):
print("Downloading table2asn error", file=sys.stderr)
print(error, file=sys.stderr)
sys.exit(1)
-
diff --git a/template/COV/cov_biosample_metadata.csv b/template/COV/cov_biosample_metadata.csv
old mode 100644
new mode 100755
index 59f9d46..d58ab8e
--- a/template/COV/cov_biosample_metadata.csv
+++ b/template/COV/cov_biosample_metadata.csv
@@ -1,3 +1,3 @@
-spuid,spuid_namespace,description,organism,bioproject,bs-isolate,bs-collected_by, bs-collection_date, bs-host, bs-host_disease,bs-isolation_source,bs-geo_loc_name,bs-host_sex,bs-host_age
-seq1,CDC-OAMD,CDC Sars CoV2 Sequencing Baseline Constellation,Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,PRJNA512913,SARS-CoV-2/human/USA/GA_2741/2020,Helix,2020-03-28,Homo sapiens,COVID-19,nasal swab,United States: Georgia,Male,28
-seq2,CDC-OAMD,CDC Sars CoV2 Sequencing Baseline Constellation,Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,PRJNA512962,SARS-CoV-2/human/USA/GA_3742/2020,Helix,2020-04-29,Homo sapiens,COVID-20,nasal swab,United States: Georgia,Male,45
+organism,collection_date,authors,ncbi-spuid,ncbi-spuid_namespace,ncbi-bioproject,bs-isolate,bs-package,bs-description,bs-collected_by, bs-host, bs-host_disease,bs-isolation_source,bs-geo_loc_name,bs-host_sex,bs-host_age
+Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,3/28/2020,"Doe, John, R.; Doe, Jane;",SARS-CoV-2/human/USA/GA_2741/2020,CDC-OAMD,PRJNA512913,SARS-CoV-2/human/USA/GA_2741/2020,SARS-CoV-2.cl.1.0,Sars CoV2 Sequencing Baseline Constellation,Helix,Homo sapiens,COVID-19,nasal swab,United States: Georgia,Male,28
+Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,4/29/2020,"Doe, John; Doe, Jane;",SARS-CoV-2/human/USA/GA_3742/2020,CDC-OAMD,PRJNA512962,SARS-CoV-2/human/USA/GA_3742/2020,SARS-CoV-2.cl.1.0,Sars CoV2 Sequencing Baseline Constellation,Helix,Homo sapiens,COVID-20,nasal swab,United States: Georgia,Male,45
diff --git a/template/COV/cov_fastq_2_R1.fastq.gz b/template/COV/cov_fastq_2_R1.fastq.gz
new file mode 100755
index 0000000..50c4133
Binary files /dev/null and b/template/COV/cov_fastq_2_R1.fastq.gz differ
diff --git a/template/COV/cov_fastq_2_R2.fastq.gz b/template/COV/cov_fastq_2_R2.fastq.gz
new file mode 100755
index 0000000..f7c4680
Binary files /dev/null and b/template/COV/cov_fastq_2_R2.fastq.gz differ
diff --git a/template/COV/cov_genbank_metadata.csv b/template/COV/cov_genbank_metadata.csv
old mode 100644
new mode 100755
index b54acf2..65edbf5
--- a/template/COV/cov_genbank_metadata.csv
+++ b/template/COV/cov_genbank_metadata.csv
@@ -1,3 +1,3 @@
-spuid,spuid_namespace,subm_lab,subm_lab_division,subm_lab_addr,authors,publication_status,publication_title,src-organism,src-isolate,src-collection_date,src-country,src-host,src-isolation_source,src-BioProject,src-BioSample,cmt-StructuredCommentPrefix,cmt-Assembly Method,cmt-Coverage,cmt-Sequencing Technology,cmt-StructuredCommentSuffix
-seq1,CDC-OAMD,NIH,NCBI,"10 Center Dr, Bethesda, MD, USA 20895","Doe, John, R.; Doe, Jane;",unpublished,,Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2/human/USA/GA_2741/2020,3/28/2020,USA: GA,Homo sapiens,nasal swab,PRJNA512913,SAMN02224951,Assembly-Data,Newbler v. 2.3,100x,Illumina ,Assembly-Data
-seq2,CDC-OAMD,NIH,NCBI,"10 Center Dr, Bethesda, MD, USA 20895","Doe, John; Doe, Jane;",unpublished,,Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2/human/USA/GA_3742/2020,4/29/2020,USA: GA,Homo sapiens,nasal swab,PRJNA512962,SAMN02224986,Assembly-Data,Newbler v. 2.3,100x,Illumina,Assembly-Data
+sequence_name,organism,collection_date,authors,ncbi-spuid,ncbi-spuid_namespace,ncbi-bioproject,gb-seq_id,gb-subm_lab,gb-subm_lab_division,gb-subm_lab_addr,gb-publication_status,gb-publication_title,src-isolate,src-country,src-host,src-isolation_source,cmt-StructuredCommentPrefix,cmt-Assembly Method,cmt-Coverage,cmt-Sequencing Technology,cmt-StructuredCommentSuffix
+GA_2741,Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,3/28/2020,"Doe, John, R.; Doe, Jane;",SARS-CoV-2/human/USA/GA_2741/2020,CDC-OAMD,PRJNA512913,SARS-CoV-2/human/USA/GA_2741/2020,NIH,NCBI,"10 Center Dr, Bethesda, MD, USA 20895",unpublished,,SARS-CoV-2/human/USA/GA_2741/2020,USA: GA,Homo sapiens,nasal swab,Assembly-Data,Newbler v. 2.3,100x,Illumina ,Assembly-Data
+GA_2742,Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,4/29/2020,"Doe, John; Doe, Jane;",SARS-CoV-2/human/USA/GA_3742/2020,CDC-OAMD,PRJNA512962,SARS-CoV-2/human/USA/GA_3742/2020,NIH,NCBI,"10 Center Dr, Bethesda, MD, USA 20895",unpublished,,SARS-CoV-2/human/USA/GA_3742/2020,USA: GA,Homo sapiens,nasal swab,Assembly-Data,Newbler v. 2.3,100x,Illumina,Assembly-Data
diff --git a/template/COV/cov_gisaid_metadata.csv b/template/COV/cov_gisaid_metadata.csv
old mode 100644
new mode 100755
index 18010f5..8a26309
--- a/template/COV/cov_gisaid_metadata.csv
+++ b/template/COV/cov_gisaid_metadata.csv
@@ -1,8 +1,3 @@
-submitter,fn,covv_virus_name,covv_type,covv_passage,covv_collection_date,covv_location,covv_add_location,covv_host,covv_add_host_info,covv_sampling_strategy,covv_gender,covv_patient_age,covv_patient_status,covv_specimen,covv_outbreak,covv_last_vaccinated,covv_treatment,covv_seq_technology,covv_assembly_method,covv_coverage,covv_orig_lab,covv_orig_lab_addr,covv_provider_sample_id,covv_subm_lab,covv_subm_lab_addr,covv_subm_sample_id,covv_consortium,covv_authors,covv_comment,comment_type
-,,hCoV-19/Anzark/12/2022,betacoronavirus,Original,2022-03-28,Oceania/Australia/Melbourne,unknown,Human,,,unknown,unknown,unknown,,,,,Illumina NextSeq 550,,3000x,Bio1 Mel,"16 Info St, Mel, Aus",,Bio2 Mel,"32 Data St, Mel, Aus",,,"Doe, John",,
-,,hCoV-19/Anzark/13/2022,betacoronavirus,Original,2022-03-28,Oceania/Australia/Melbourne,unknown,Human,,,unknown,unknown,unknown,,,,,Illumina NextSeq 550,,3000x,Bio1 Mel,"16 Info St, Mel, Aus",,Bio2 Mel,"33 Data St, Mel, Aus",,,"Doe, John",,
-,,hCoV-19/Anzark/17/2022,betacoronavirus,Original,2022-03-28,Oceania/Australia/Melbourne,unknown,Human,,,unknown,unknown,unknown,,,,,Illumina NextSeq 550,,3000x,Bio1 Mel,"16 Info St, Mel, Aus",,Bio2 Mel,"34 Data St, Mel, Aus",,,"Doe, John",,
-,,hCoV-19/Anzark/16/2022,betacoronavirus,Original,2022-03-28,Oceania/Australia/Melbourne,unknown,Human,,,unknown,unknown,unknown,,,,,Illumina NextSeq 550,,3000x,Bio1 Mel,"16 Info St, Mel, Aus",,Bio2 Mel,"35 Data St, Mel, Aus",,,"Doe, John",,
-,,hCoV-19/Anzark/Melbourne476/2022,betacoronavirus,Original,2022-03-28,Oceania/Australia/Melbourne,unknown,Human,,,Male,71,unknown,,,,,Illumina NextSeq 550,,3000x,Bio1 Mel,"16 Info St, Mel, Aus",,Bio2 Mel,"39 Data St, Mel, Aus",,,"Doe, John",,
-,,hCoV-19/Anzark/Melbourne477/2022,betacoronavirus,Original,2022-03-28,Oceania/Australia/Melbourne,unknown,Human,,,Female,42,unknown,,,,,Illumina NextSeq 550,,3000x,Bio1 Mel,"16 Info St, Mel, Aus",,Bio2 Mel,"40 Data St, Mel, Aus",,,"Doe, John",,
-,,hCoV-19/Anzark/Melbourne475/2022,betacoronavirus,Original,2022-03-28,Oceania/Australia/Melbourne,unknown,Human,,,unknown,unknown,unknown,,,,,Illumina NextSeq 550,,3000x,Bio1 Mel,"16 Info St, Mel, Aus",,Bio2 Mel,"32 Data St, Mel, Aus",,,"Doe, John",,
+sequence_name,organism,collection_date,authors,gs-virus_name,gs-type,gs-passage,gs-location,gs-add_location,gs-host,gs-add_host_info,gs-sampling_strategy,gs-gender,gs-patient_age,gs-patient_status,gs-specimen,gs-outbreak,gs-last_vaccinated,gs-treatment,gs-seq_technology,gs-assembly_method,gs-coverage,gs-orig_lab,gs-orig_lab_addr,gs-provider_sample_id,gs-subm_lab,gs-subm_lab_addr,gs-subm_sample_id,gs-consortium,gs-comment,gs-comment_type
+GA_2741,Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,3/28/2020,"Doe, John, R.; Doe, Jane;",hCoV-19/USA/GA-2741/2022,betacoronavirus,Original,North America/USA/Georgia,unknown,Human,,,unknown,unknown,unknown,,,,,Illumina NextSeq 550,,3000x,Bio1 Mel,"16 Info St, Mel, Aus",,Bio2 Mel,"32 Data St, Mel, Aus",,,,
+GA_2742,Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,4/29/2020,"Doe, John; Doe, Jane;",hCoV-19/USA/GA_2742/2022,betacoronavirus,Original,North America/USA/Georgia,unknown,Human,,,unknown,unknown,unknown,,,,,Illumina NextSeq 550,,3000x,Bio1 Mel,"16 Info St, Mel, Aus",,Bio2 Mel,"33 Data St, Mel, Aus",,,,
diff --git a/template/COV/cov_sequence.fasta b/template/COV/cov_sequence.fasta
index 995e77d..599a4cb 100644
--- a/template/COV/cov_sequence.fasta
+++ b/template/COV/cov_sequence.fasta
@@ -1,4 +1,4 @@
->hCoV-19/Anzark/12/2022
+>GA_2741
ACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCA
CTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACG
GTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTTGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTG
@@ -373,7 +373,7 @@ GCACAAGTAGATGTAGTTAACTTTAATCTCACATAGCAATCTTTAATCAGTGTGTAACATTAGGGAGGACTTGAAAGAGC
CACCACATTTTCACCGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTACAGTGAACAATGCTAGGGAGAGCTGCCTATATGGAAG
AGCCCTAATGTGTAAAATTAATTTTAGTAGTGCTATCCCCATGTGATTTTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
->hCoV-19/Anzark/13/2022
+>GA_2742
ACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCA
CTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACG
GTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTTGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTG
@@ -748,3497 +748,3 @@ GCACAAGTAGATGTAGTTAACTTTAATCTCACATAGCAATCTTTAATCAGTGTGTAACATTAGGGAGGACTTGAAAGAGC
CACCACATTTTCACCGAGGCCACGCGGAGTACGATCGAGTGTACAGTGAACAATGCTAGGGAGAGCTGCCTATATGGAAG
AGCCCTAATGTGTAAAATTAATTTTAGTAGTGCTATCCCCATGTGATTTTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
->hCoV-19/Anzark/14/2022
-CTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCAC
-TCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGG
-TTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGT
-CCCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTG
-GAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGGCTTAGTAGAAGTTGAAAAA
-GGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTAT
-GGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGG
-GCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCC
-GATCTAAAGTCATTTGACTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACA
-TAGCAGTGGTGTTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTG
-GCCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTGTCCGAACAA
-CTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCGTGAACATGAGCATGAAATTGCTTGGTACACGGAACGTTC
-TGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAATTGGCAAAGAAATTTGACACCTTCAATGGGGAATGTCCAA
-ATTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATTCAACCAAGGGTTGAAAAGAAAAAGCTTGATGGCTTTATGGGT
-AGAATTCGATCTGTCTATCCAGTTGCGTCACCAAATGAATGCAACCAAATGTGCCTTTCAACTCTCATGAAGTGTGATCA
-TTGTGGTGAAACTTCATGGCAGACGGGCGATTTTGTTAAAGCCACTTGCGAATTTTGTGGCACTGAGAATTTGACTAAAG
-AAGGTGCCACTACTTGTGGTTACTTACCCCAAAATGCTGTTGTTAAAATTTATTGTCCAGCATGTCACAATTCAGAAGTA
-GGACCTGAGCATAGTCTTGCCGAATACCATAATGAATCTGGCTTGAAAACCATTCTTCGTAAGGGTGGTCGCACTATTGC
-CTTTGGAGGCTGTGTGTTCTCTTATGTTGGTTGCCATAACAAGTGTGCCTATTGGGTTCCACGTGCTAGCGCTAACATAG
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-GTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAAACTTAATGAAGAGATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCTTCCACAAG
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->hCoV-19/Anzark/17/2022
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->hCoV-19/x/Melbourne390/2022
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->hCoV-19/Anzark/Melbourne476/2022
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->hCoV-19/Anzark/Melbourne477/2022
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