introduction.qmd

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title: "データの読み込みから可視化"
subtitle: "Kanazawa.R #2"
author: "伊東宏樹"
date: 2024-11-23
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## 自己紹介

-   氏名: 伊東宏樹

-   3月まで森林総合研究所勤務

-   4月から個人事業主（[伊東生態統計研究室](https://ito4303.sakura.ne.jp/)）

-   データ解析、執筆・翻訳、研修講師などお引き受けいたします。

-   出版物: 『[BUGSで学ぶ階層モデリング入門](https://www.kyoritsu-pub.co.jp/book/b10003729.html)』『[生態学のための階層モデリング](https://www.kyoritsu-pub.co.jp/book/b10003301.html)』（以上共訳）など

## 本日の内容

-   Rについて

-   データの読み込み

    -   整形・変形

-   データの可視化

-   地理空間データ

## Rとは

-   オープンソースの、統計計算とグラフィックのためのシステム

-   <https://www.r-project.org/>

-   言語と環境（グラフィックなど）

-   2万を超えるパッケージ

    -   専門的な統計的手法もだいたいある

## RStudio

-   Posit社が開発している統合開発環境

[![(Posit: RStudio IDE)](images/RStudio.png){style="border: 1px solid blue; border-radius: 4px; padding: 8px; box-shadow: 5px 5px 10px black;" width="684"}](https://posit.co/downloads/)

## データ読み込みと可視化

[![データサイエンスのモデル (Wickham H. et al. (2023) R for Data Science (2nd ed.), CC-BY-NC-ND 3.0)](images/base.png)](https://r4ds.hadley.nz/intro#fig-ds-diagram)

## データの読み込み (Import)

パッケージ利用で各種データファイルをRに読み込むことができる

-   CSV, TSV: readrパッケージなど
-   Excel: readxlパッケージなど
-   ODS: readODSパッケージ
-   JSON: jsonliteパッケージ
-   Parquet: arrowパッケージ

など

## データの整形 (Tidy)・変形 (Transform)

-   tidyr, dplyrパッケージなど（tidyverseメタパッケージに含まれている）

-   整然データにする

    -   1つの変数が1つの列
    -   1つの観測が1つの行
    -   1つのタイプの観測ユニットが1つのテーブル
    -   1つの値が1つのセル

-   整然データを、利用目的に応じて変形する

## 可視化 (Visualize)

グラフ作成のパッケージ

-   デフォルトのgraphicsパッケージ (base graphics)
-   [ggplot2](https://ggplot2.tidyverse.org/)パッケージ
-   [plotly](https://plotly.com/r/)パッケージ
-   [tidyplots](https://jbengler.github.io/tidyplots/reference/)パッケージ

など

## 地理空間データ

-   最近では、[**sf**](https://cran.r-project.org/package=sf)**パッケージ**を使うことが多い[^1]

    -   GISデータ規格の[OGC simple feature access](https://www.ogc.org/publications/standard/sfa/)対応
    -   読み込み対応
        -   シェープファイル, GeoJSON, GPX, KMLなど

[^1]: <https://notchained.hatenablog.com/entry/2017/01/06/213333>

## 実演

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実演画面をご覧ください
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## おわりに

わからないことは

-   公式マニュアル
-   参考文献
-   コミュニティ
    -   Slack:r-wakalang 参加方法は <https://github.com/tokyor/r-wakalang>
    -   mandaRa <https://scrapbox.io/mandaRa/>
-   ChatGPT
-   検索

## 参考文献

-   [RユーザのためのRstudio［実践］入門（改訂2版）](https://gihyo.jp/book/2021/978-4-297-12170-9)（松村優哉・湯谷啓明・紀ノ定保礼・前田和寛, 技術評論社, 2021年）

-   [データ分析のためのデータ可視化入門](https://www.kspub.co.jp/book/detail/5164044.html)（キーラン・ヒーリー(著), 瓜生真也・江口哲史・三村喬生(訳), 講談社, 2021年）

-   [Rではじめる地理空間データの統計解析入門](https://www.kspub.co.jp/book/detail/5273036.html)（村上大輔, 講談社, 2022年）