إدارة الموقع مقتصرة على المستخدمين الذين لهم صلاحيات كاملة في النظام. المهام الإدارية عادة ما تكون بين حين وآخر ويمكن أن يقوم بها رئيس التحرير، المحرر الأقدم أو مشرف الموقع الذي يتولى هذه المهام. للمزيد من التفاصيل، أنظر تعليم نظام المجلات المفتوحة: الإشراف على الموقع.
إضافة، تعديل أو إزالة المجلات المستضافة في هذا النظام. عادة ما تكون هناك مجلة واحدة فقط في أغلب الحالات، لكن بالإمكان استضافة عدة مجلات في حزمة واحدة من النظام.
المشرفون، رؤساء التحرير أو المحررون الأقدمون بإمكانهم الوصول إلى مهيئ الإعدادات لكل مجلة مستضافة، وهو الذي سيقود إلى الخطوات الأساسية لتهيئة المجلة. وهي تشمل إعدادات دفة القيادة، تفاصيل عناوين الاتصال، مظهر الموقع، معالم طلب النشر، تفاصيل الفهرسة ومتعلقات المستخدمين.
العديد من الوظائف الإدارية متوافر في منطقة إدارة الموقع. ينبغي استعمالها بحذر من قبل مشرفين تقنيين. الاستعمال الخاطئ قد يؤدي إلى نتائج غير متوقعة.
معلومات تفصيلية عن نسخة هذا النظام وإعدادات الملقم. هذه التفاصيل مهمة عند تلقي الدعم في منتديات مشروع المعرفة العامة.
هذا الرابط سيخرج كل المستخدمين فوراً من النظام. قد يكون هذاالإجراء مفيداً قبيل الشروع بترقية النظام.
يزيل كل البيانات المخفية، بضمنها المعلومات المحلية، ومخفيات المساعدة، ومخفيات البحث.
يزيل كل النسخ المخفية لقوالب HTML. هذه الوظيفة قد تكون مفيدة لإجبار النظام على تحميل هذه القوالب بعد القيام بتخصيصها.
يزيل ملفات الوقوعات المولدة تلقائياً من قبل بعض مهام الصيانة المجدولة، مثل مهمة معالجة الإحصائيات.