SingleCellR assays 表达矩阵(行为基因,列为细胞) rowData 基因注释 colData 样本注释(metaData,细胞的元数据) ruducedDims (Rows = Cells,行为细胞,降维的结果) 对单细胞测序的学习,跟着流程走‘CNS图表复现’走 jimmy的单细胞课程 初级分析 单细胞转录组基础分析一:分析环境搭建 单细胞转录组基础分析二:数据质控与标准化 单细胞转录组基础分析三:降维与聚类 单细胞转录组基础分析四:细胞类型鉴定 单细胞转录组基础分析五:细胞再聚类 单细胞转录组基础分析六:伪时间分析 单细胞转录组基础分析七:差异基因富集分析 单细胞转录组基础分析八:可视化工具总结 高级分析 单细胞转录组高级分析一:多样本合并与批次校正 单细胞转录组高级分析二:转录调控网络分析 单细胞转录组高级分析三:细胞通讯分析 单细胞转录组高级分析四:scRNA数据推断CNV 单细胞转录组高级分析五:GSEA与GSVA分析 单细胞转录组高级分析六:TCGA生存分析 单细胞转录组高级分析七:整合scATAC数据 单细胞转录组高级分析八:整合V(D)J数据