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ahasverus committed Nov 13, 2023
1 parent 1806ba2 commit b7ceb3c
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Showing 2 changed files with 15 additions and 27 deletions.
20 changes: 7 additions & 13 deletions index.Rmd
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -1,8 +1,8 @@
---
title: <br />Docker for R users
subtitle: "<br />"
author: <br /><br />Nicolas CASAJUS<br />.inst[nicolas.casajus at fondationbiodiversite.fr]
date: .inst[Jeudi 30 novembre 2022]
author: <br /><br />Nicolas CASAJUS<br />.inst[Data scientist @ FRB-CESAB]
date: .inst[Novembre 2023]
output:
xaringan::moon_reader:
css: ["css/xaringan-themer.css", "css/custom.css"]
Expand Down Expand Up @@ -48,25 +48,19 @@ output:

## Docker en bref

.center[![:scale 75%](img/docker.png)]
.center[![:scale 50%](img/docker.png)]

--

`r fontawesome::fa_i("hand-point-right", class = "dark")` &nbsp;Logiciel open source permettant de :

- empaqueter une application avec toutes ses dépendances système
- partager facilement un environnement de travail complet
- déployer rapidement une application en production

---

## Docker en bref

.center[![:scale 75%](img/docker.png)]
--

<br />

`r fontawesome::fa_i("hand-point-right", class = "dark")` &nbsp;Un conteneur est _isolé_ du système hôte.

`r fontawesome::fa_i("docker")` permet donc de :

- tester des choses sans crainte d'endommager son système hôte
Expand Down Expand Up @@ -138,7 +132,7 @@ Site officiel : [**https://rocker-project.org**](https://rocker-project.org/)

## Rocker project

Site officiel : [**https://rocker-project.org**](https://rocker-project.org/)
Site officiel : [**https://rocker-project.org/images/**](https://rocker-project.org/images/)


![](img/rocker-img.png)
Expand Down Expand Up @@ -584,7 +578,7 @@ RUN chown -R rstudio:rstudio $FOLDER
WORKDIR $FOLDER
## Install R packages ----
ENV RENV_VERSION 0.16.0
ENV RENV_VERSION 1.0.3
RUN R -e "install.packages('remotes', repos = c(CRAN = 'https://cloud.r-project.org'))" \
&& R -e "remotes::install_github('rstudio/renv@${RENV_VERSION}')" \
&& sudo -u rstudio R -e "renv::restore()"
Expand Down
22 changes: 8 additions & 14 deletions index.html
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -3,7 +3,7 @@
<head>
<title> Docker for R users</title>
<meta charset="utf-8" />
<meta name="author" content=" Nicolas CASAJUS .inst[nicolas.casajus at fondationbiodiversite.fr]" />
<meta name="author" content=" Nicolas CASAJUS .inst[Data scientist @ FRB-CESAB]" />
<script src="libs/header-attrs-2.25/header-attrs.js"></script>
<link href="libs/font-awesome-6.4.2/css/all.min.css" rel="stylesheet" />
<link href="libs/font-awesome-6.4.2/css/v4-shims.min.css" rel="stylesheet" />
Expand All @@ -21,10 +21,10 @@
## <br />
]
.author[
### <br /><br />Nicolas CASAJUS<br />.inst[nicolas.casajus at fondationbiodiversite.fr]
### <br /><br />Nicolas CASAJUS<br />.inst[Data scientist @ FRB-CESAB]
]
.date[
### .inst[Jeudi 30 novembre 2022]
### .inst[Novembre 2023]
]

---
Expand Down Expand Up @@ -58,25 +58,19 @@

## Docker en bref

.center[![:scale 75%](img/docker.png)]
.center[![:scale 50%](img/docker.png)]

--

<i class="far fa-hand-point-right dark" role="presentation" aria-label="hand-point-right icon"></i> &amp;nbsp;Logiciel open source permettant de :

- empaqueter une application avec toutes ses dépendances système
- partager facilement un environnement de travail complet
- déployer rapidement une application en production

---

## Docker en bref

.center[![:scale 75%](img/docker.png)]
--

&lt;br /&gt;

<i class="far fa-hand-point-right dark" role="presentation" aria-label="hand-point-right icon"></i> &amp;nbsp;Un conteneur est _isolé_ du système hôte.

<i class="fab fa-docker" role="presentation" aria-label="docker icon"></i> permet donc de :

- tester des choses sans crainte d'endommager son système hôte
Expand Down Expand Up @@ -148,7 +142,7 @@

## Rocker project

Site officiel : [**https://rocker-project.org**](https://rocker-project.org/)
Site officiel : [**https://rocker-project.org/images/**](https://rocker-project.org/images/)


![](img/rocker-img.png)
Expand Down Expand Up @@ -594,7 +588,7 @@
WORKDIR $FOLDER

## Install R packages ----
ENV RENV_VERSION 0.16.0
ENV RENV_VERSION 1.0.3
RUN R -e "install.packages('remotes', repos = c(CRAN = 'https://cloud.r-project.org'))" \
&amp;&amp; R -e "remotes::install_github('rstudio/renv@${RENV_VERSION}')" \
&amp;&amp; sudo -u rstudio R -e "renv::restore()"
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