Working nonFA structure

├── params
│   ├── acqparams.txt
│   └── index.txt

├── preprocessing
│   ├── eddy
│   │   └── sub-12345
│   │       ├── sub-10002_ses-s0_dwi_eddy_unwarped_bet_mask.nii.gz
│   │       ├── sub-10002_ses-s0_dwi_eddy_unwarped_bet.nii.gz
│   │       ├── sub-10002_ses-s0_dwi_eddy_unwarped.eddy_command_txt
│   │       ├── sub-10002_ses-s0_dwi_eddy_unwarped.eddy_movement_rms
│   │       ├── sub-10002_ses-s0_dwi_eddy_unwarped.eddy_outlier_free_data.nii.gz
│   │       ├── sub-10002_ses-s0_dwi_eddy_unwarped.eddy_outlier_map
│   │       ├── sub-10002_ses-s0_dwi_eddy_unwarped.eddy_outlier_n_sqr_stdev_map
│   │       ├── sub-10002_ses-s0_dwi_eddy_unwarped.eddy_outlier_n_stdev_map
│   │       ├── sub-10002_ses-s0_dwi_eddy_unwarped.eddy_outlier_report
│   │       ├── sub-10002_ses-s0_dwi_eddy_unwarped.eddy_parameters
│   │       ├── sub-10002_ses-s0_dwi_eddy_unwarped.eddy_post_eddy_shell_alignment_parameters
│   │       ├── sub-10002_ses-s0_dwi_eddy_unwarped.eddy_post_eddy_shell_PE_translation_parameters
│   │       ├── sub-10002_ses-s0_dwi_eddy_unwarped.eddy_restricted_movement_rms
│   │       ├── sub-10002_ses-s0_dwi_eddy_unwarped.eddy_rotated_bvecs
│   │       ├── sub-10002_ses-s0_dwi_eddy_unwarped.eddy_values_of_all_input_parameters
│   │       └── sub-10002_ses-s0_dwi_eddy_unwarped.nii.gz
│   ├── eddy_qc
│   │   └── sub-12345
│   │       └── sub-10002_ses-s0_dwi_eddy_unwarped.gif
│   └── topup
│       └── sub-12345
│           ├── sub-10002_ses-s0_dwi_AP_blip.nii.gz
│           ├── sub-10002_ses-s0_dwi_AP_blip_tmean.nii.gz
│           ├── sub-10002_ses-s0_dwi_bet_mask.nii.gz
│           └── sub-10002_ses-s0_dwi_bet.nii.gz

└── tbss_fdt
    └── sub-12345
        ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA.nii.gz
        ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_L1.nii.gz
        ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_L2.nii.gz
        ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_L3.nii.gz
        ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_MD.nii.gz
        ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_MO.nii.gz
        ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_S0.nii.gz
        ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_V1.nii.gz
        ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_V2.nii.gz
        └── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_V3.nii.gz

├── tbss
│   └── FA
│       ├── FA
│       │   ├── best.msf
│       │   ├── slicesdir
│       │   │   ├── grota.png
│       │   │   ├── grotb.png
│       │   │   ├── grotc.png
│       │   │   ├── grotd.png
│       │   │   ├── grote.png
│       │   │   ├── grotf.png
│       │   │   ├── grotg.png
│       │   │   ├── groth.png
│       │   │   ├── groti.png
│       │   │   ├── index.html
│       │   │   └── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA_FA.png
│       │   ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA_FA_mask.nii.gz
│       │   ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA_FA.nii.gz
│       │   ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA_FA_to_target.log
│       │   ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA_FA_to_target.mat
│       │   ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA_FA_to_target.nii.gz
│       │   ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA_FA_to_target_warp.msf
│       │   ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA_FA_to_target_warp.nii.gz
│       │   ├── target.nii.gz
│       │   └── tbss_logs
│       │       ├── tbss_2_reg.e104208.1
│       │       └── tbss_2_reg.o104208.1
│       ├── origdata
│       │   └── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA.nii.gz
│       ├── stats
│       │   ├── all_FA.nii.gz
│       │   ├── all_FA_skeletonised.nii.gz
│       │   ├── mean_FA_mask.nii.gz
│       │   ├── mean_FA.nii.gz
│       │   ├── mean_FA_skeleton_mask_dst.nii.gz
│       │   ├── mean_FA_skeleton_mask.nii.gz
│       │   ├── mean_FA_skeleton.nii.gz
│       │   └── thresh.txt
│       └── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA.nii.gz

├── nonFA
│   └── tbss
│       ├── AD
│       │   └── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA.nii.gz
│       ├── FA
│       │   ├── best.msf
│       │   ├── slicesdir
│       │   │   ├── grota.png
│       │   │   ├── grotb.png
│       │   │   ├── grotc.png
│       │   │   ├── grotd.png
│       │   │   ├── grote.png
│       │   │   ├── grotf.png
│       │   │   ├── grotg.png
│       │   │   ├── groth.png
│       │   │   ├── groti.png
│       │   │   ├── index.html
│       │   │   └── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA.png
│       │   ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA_mask.nii.gz
│       │   ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA.nii.gz
│       │   ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA_to_target.log
│       │   ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA_to_target.mat
│       │   ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA_to_target.nii.gz
│       │   ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA_to_target_warp.msf
│       │   ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA_to_target_warp.nii.gz
│       │   ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_to_target_AD.nii.gz
│       │   ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_to_target_MD.nii.gz
│       │   ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_to_target_RD.nii.gz
│       │   ├── target.nii.gz
│       │   └── tbss_logs
│       │       ├── tbss_2_reg.e104208.1
│       │       └── tbss_2_reg.o104208.1
│       ├── L
│       │   ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_L1.nii.gz
│       │   ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_L2.nii.gz
│       │   ├── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_L3.nii.gz
│       │   └── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_RD.nii.gz
│       ├── MD
│       │   └── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA.nii.gz
│       ├── origdata
│       │   └── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA.nii.gz
│       ├── RD
│       │   └── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA.nii.gz
│       ├── stats
│       │   ├── all_AD.nii.gz
│       │   ├── all_AD_skeletonised.nii.gz
│       │   ├── all_FA.nii.gz
│       │   ├── all_FA_skeletonised.nii.gz
│       │   ├── all_MD.nii.gz
│       │   ├── all_MD_skeletonised.nii.gz
│       │   ├── all_RD.nii.gz
│       │   ├── all_RD_skeletonised.nii.gz
│       │   ├── mean_FA_mask.nii.gz
│       │   ├── mean_FA.nii.gz
│       │   ├── mean_FA_skeleton_mask_dst.nii.gz
│       │   ├── mean_FA_skeleton_mask.nii.gz
│       │   ├── mean_FA_skeleton.nii.gz
│       │   └── thresh.txt
│       └── sub-10002_ses-s0_dwi_fdt_FA.nii.gz